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通过生物信息学手段对9种硬骨鱼转座组进行注释。结果表明9种硬骨鱼类转座组大小和构成差异显著，其转座组含量从高到低分别为斑马鱼、矛尾鱼、青鳉鱼、罗非鱼、花斑剑尾鱼、大西洋鳕鱼、三刺鱼、金娃娃和红鳍东方鲀，转座子含量和基因组大小呈正相关。DNA转座子在硬骨鱼类中具有多样性高和含量差异大的特点 (0.50%–38.37%)，是硬骨鱼类转座组差异的主要决定因素，其中hAT和Tc/Mariner超家族是硬骨鱼类主要的DNA转座子。RNA转座子在硬骨鱼类中也具有多样性高的特点，其中LINE转座子占硬骨鱼类基因组的0.53%–5.75%，共检测到14个超家族分布，其中L1、L2、RTE和Rex转座子扩增较为明显，LTR转座子除了在斑马鱼和三刺鱼中含量达到5.58%和2.51%，在大多硬骨鱼类基因组中的含量低于2%，在硬骨鱼类中共检测到6个LTR转座子 (Copia、DIRS、ERV、Gypsy、Ngaro和Pao) 超家族分布，其中扩增最为明显的是Gypsy。而SINE转座子在硬骨鱼类中扩增最弱，仅在斑马鱼和矛尾鱼中分别达到3.28%和5.64%，在其他7个物种中低于1%。SINE中tRNA、5S和MIR三个超家族在部分硬骨鱼类中有一定程度扩增。本研究表明硬骨鱼类转座组具有多样性丰富、差异大的特点，转座组差异与硬骨鱼基因组大小有很强的相关性，转座组是决定硬骨鱼基因组大小的重要因素。

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《9种硬骨鱼类转座组注释》

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文件号：087967

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