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目的: 对入侵性致瘿害虫桉树枝瘿姬小蜂（膜翅目：姬小蜂科）进行EST-SSR引物开发和隐种鉴定，为桉树枝瘿姬小蜂种群遗传学研究及其防治提供理论依据。方法: 采用Illumina HiSeqTM 2000测序平台对3个地理种群的桉树枝瘿姬小蜂雌性成虫进行转录组测序，利用MISA和Primer Premier 3软件进行EST-SSR标记的搜索、挖掘和引物设计。选取400对EST-SSR引物，结合国外报道的14对多态性G-SSR引物，应用1%琼脂糖凝胶电泳检测扩增效率，并用8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证引物多态性。基于桉树枝瘿姬小蜂COI基因序列数据对我国14个地理种群320个桉树枝瘿姬小蜂雌性成虫样本进行隐种鉴定。结果: 1）共获得277 048 525条clean reads，包括82.86 G个核苷酸，组装后得到44 878个unigene，平均长度1 082.76 bp，N50为1 976 bp；利用MISA软件搜索到EST-SSR位点14 190个，其中主要重复类型是单核苷酸重复（占总EST-SSR的69.63%），其次是二核苷酸重复和三核苷酸重复（分别占总EST-SSR的16.17%、13.51%）。2）400对EST-SSR引物中有205对引物可有效扩增出目的片段，扩增效率51.25%，国外报道的14对G-SSR引物均能扩增出目的片段；3）用8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证SSR引物多态性，最终筛选出10对多态性良好的EST-SSR引物，国外报道的14对G-SSR引物中仅有LiSS2、LiSS5、LiSS13在我国桉树枝瘿姬小蜂样本中存在多态性；4）从我国14个桉树枝瘿姬小蜂地理种群中共获得320条605 bp的COI基因序列，基于桉树枝瘿姬小蜂COI基因序列构建的NJ系统发育树表明，我国仅存在A、B 2种类型的桉树枝瘿姬小蜂隐种，样本比例约为1:2。结论: 筛选出10对适合我国桉树枝瘿姬小蜂种群遗传学研究的EST-SSR引物。我国存在A、B 2种类型的桉树枝瘿姬小蜂隐种，其中隐种A首次在我国发现，桉树枝瘿姬小蜂的隐种鉴定可为该害虫在生物防治中采用正确的生物型提供依据。
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